El Fondo antiguo de la Biblioteca Franciscana alberga seis colecciones, cada una de ellas especializada en una región: San Andrés Calpan, San Gabriel Cholula, San Juan Bautista Coyoacán, San Francisco Puebla, San J. Oriaba y Santa Úrsula Coapa. 

Cada colección alberga archivos que van del siglo XVI al XIX, cada uno de ellos escaneado y acompañado de una descripción física y los datos de imprenta correspondientes.